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- Wina, Departamento de Jinotega
- Wirapahani, Región Autónoma Atlántico Norte
- Wiwilí, Departamento de Nueva Segovia
- Wiwinak, Región Autónoma Atlántico Norte
- Wounta, Región Autónoma Atlántico Norte
- Yabaltara, Región Autónoma Atlántico Norte
- Yablis, Región Autónoma Atlántico Norte
- Yagualica, Departamento de Jinotega
- Yakalpanani, Departamento de Jinotega
- Yalagüina, Departamento de Madriz
- Yasica Norte, Departamento de Matagalpa
- Yasica Sur, Departamento de Matagalpa
- Yaule Abajo, Departamento de Matagalpa
- Yayule, Departamento de Matagalpa
- Yucapuca, Departamento de Jinotega
- Yucapuca, Departamento de Boaco
- Yulú, Región Autónoma Atlántico Norte
- Yulu Tingni, Región Autónoma Atlántico Norte
- Zambrano, Departamento de Managua
- Zapotal, Departamento de Nueva Segovia
- Zapotillo, Departamento de Rivas